Một ngày đầu tháng 8/1966, không khí tại phòng họp Quân ủy Trung ương đang trở nên nóng bỏng: Hội đồng Tham mưu trưởng Liên quân Hoa Kỳ đã gây sức ép thành công lên Tổng thống Johnson. Chiến dịch không kích "Sấm rền" leo thang lên một mức độ khốc liệt khi không quân Mỹ được phép tấn công thẳng vào những kho chứa xăng dầu và nhiều mục tiêu trọng yếu ở hai thành phố lớn nhất miền Bắc là Hà Nội và Hải Phòng. Không những vậy, một vấn đề lớn và vô cùng cấp thiết khác cũng đang đòi hỏi phải có ứng phó ngay lập tức, đó là tìm lời giải cho tuyến chi viện chiến lược Trường Sơn. Từ năm 1965, thất bại với chiến lược "Chiến tranh đặc biệt", Mỹ đã chuyển sang chiến lược "Chiến tranh cục bộ" tại Việt Nam. Binh lính cùng các phương tiện, vũ khí chiến tranh hiện đại được Washington ồ ạt huy động vào cuộc chiến. Trung ương Đảng đề ra quyết tâm là phải tích cực chi viện cho miền Nam với mức độ cao nhất, tuyến vận tải quân sự Trường Sơn được xác định như hướng chi viện chiến lược chủ đạo, là hậu phương trực tiếp cho các hướng chiến trường. Vì vậy, Đoàn 559 được chuyển thành Bộ Tư lệnh 559, quy mô phát triển vượt bậc lên tương đương cấp Quân khu. Hình thức vận tải lấy gùi thồ làm cơ bản đã được thay thế bằng vận tải ô tô cơ giới, tuy nhiên kết quả thu được thua kém rất xa mục tiêu đề ra. Tổng kết cuối năm 1965 cho đến giữa năm 1966, Đoàn 559 chỉ giao được cho miền Nam 2 ngàn tấn hàng, bằng 14% kế hoạch ban đầu. Riêng với lực lượng vận tải, số xe bị mất lên tới 632 chiếc, tức chiếm 47% tổng biên chế.