Sau hiệp định Geneve 1954, miền Nam nhanh chóng rơi vào tay chính quyền độc tài Ngô Đình Diệm, được sự bảo hộ của Hoa Kỳ gia đình họ Ngô không những từ chối tổng tuyển cử mà còn ra sức đàn áp nhân dân và tiêu diệt mọi dấu vết của lực lượng cách mạng tại miền Nam. Trước tình thế hiểm nghèo của cách mạng và đòi hỏi của quần chúng, Hội nghị Trung ương Đảng lần thứ 15 (khóa II) năm 1959 quyết định chuyển hình thức đấu tranh, từ đấu tranh chính trị thuần túy sang kết hợp đấu tranh chính trị với đấu tranh vũ trang để thống nhất đất nước. Ngày 19/5/1959 đoàn công tác quân sự đặc biệt nhận được nhiệm vụ mở đường tổ chức vận chuyển chi viện sức người, sức của từ miền Bắc vào chiến trường miền Nam, phiên hiệu chính thức của đơn vị cũng lấy theo mốc thời gian này gọi là Đoàn 559.