Vào đầu tháng 7, khi dịch Covid-19 bùng phát mạnh tại TP.HCM, số ca nhiễm trong cộng đồng tăng cao, thực hiện chỉ đạo của Bộ Quốc phòng, Quân khu 7, Bệnh viện Quân dân y miền Đông đã chuyển đổi toàn bộ công năng sang điều trị bệnh nhân Covid-19. Những ngày này khi thành phố từng bước kiểm soát được dịch bệnh, bệnh viện cũng đang điều chỉnh công năng, bảo đảm an toàn với việc thực hiện tốt 2 chức năng trong tình hình mới, vừa thu dung, điều trị bệnh nhân COVID-19, vừa đảm bảo khám, chữa bệnh thông thường và điều trị chuyên khoa cho bệnh nhân.