Thực hiện Quyết định 568/1999/QĐ-BQP của Bộ Quốc phòng, Sư đoàn 338 chuyển thành Đoàn kinh tế - Quốc phòng 338, làm nòng cốt xây dựng Khu Kinh tế - Quốc phòng Mẫu Sơn trên địa bàn biên giới tỉnh Lạng Sơn. Vùng dự án có diện tích tự nhiên hơn 120.000 ha, nằm trên địa bàn 20 xã của 5 huyện, có gần 200km đường biên giới, với 4 dân tộc chính: Tày, Nùng, Dao, Kinh. Địa hình phức tạp, trình độ dân trí thấp, tỷ lệ hộ nghèo trước năm 2010 trung bình trên 65%, tình hình trật tự, an toàn xã hội diễn biến phức tạp. Nhiệm vụ của Đoàn KT-QP 338 là cùng đảng bộ, chính quyền, nhân dân địa phương phát triển kinh tế, xóa đói, giảm nghèo, củng cố thế trận quốc phòng an ninh trên địa bàn chiến lược phía Bắc tổ quốc.