Bên cạnh việc hoàn thành tốt nhiệm vụ quản lý, bảo vệ chủ quyền, an ninh biên giới vùng biển của Tổ quốc… Phát huy vai trò xung kích của tuổi trẻ, cán bộ, đoàn viên, thanh niên Bộ Chỉ huy BĐBP Phú Yên luôn là một trong những lực lượng nòng cốt trong các hoạt động cứu hộ, cứu nạn, tổ chức nhiều chương trình dân vận có ý nghĩa thiết thực… qua đó góp phần xây dựng địa bàn biên giới biển tỉnh Phú Yên ngày càng vững mạnh.