Năm 2016, các trường quân đội và công an đều sử dụng kết quả kì thi THPT quốc gia để xét tuyển. Hai khối trường này yêu cầu sơ tuyển với các điều kiện riêng, do vậy sau khi đạt yêu cầu ở vòng sơ tuyển, thí sinh không được thay đổi ngành, trong mỗi trường thí sinh cũng chỉ được đăng ký một ngành. Theo Bộ GD-ĐT, đợt 1 thí sinh được quyền đăng ký vào 1 trường quân đội và một trường khác. Bộ Quốc phòng cũng quy định chỉ tiêu riêng cho thí sinh miền Bắc (từ Quảng Bình trở ra) và cho thí sinh miền Nam (từ Quảng Trị trở vào). Đối với các trường quân đội, số thí sinh đăng ký dự tuyển tăng 10,5% so với năm 2015. Nhiều trường có mức điểm nhận hồ sơ xét tuyển bằng ngưỡng bảo đảm chất lượng đầu vào (15 điểm) trở lên. Ngưỡng điểm nhận hồ sơ cao nhất là Học viện Quân y với 22 điểm.