Không chỉ cho ra đời những sản phẩm khoa học công nghệ hiệu quả trong xử lý nước sinh hoạt cho bộ đội và nhân dân, Mà viện khoa học và công nghệ quân sự Bộ quốc phòng  còn đẩy mạnh nghiên cứu khoa học và công nghệ ứng dụng vào xử lý chất thải gây ô nhiễm môi trường trong và ngoài quân đội. Do đặc thù hoạt động sản xuất quốc phòng và trước những vấn đề môi trường mới nảy sinh, việc ứng dụng khoa học, công nghệ vào bảo vệ môi trường càng trở nên cấp thiết.