Từ những năm 1989, lúc đó 305 doanh nghiệp quân đội được bắt đầu rà soát, sắp xếp đổi mới. Biện pháp chủ yếu mà Bộ Quốc phòng áp dụng là giải thể hoặc sát nhập những doanh nghiệp quá nhỏ, hoạt động sản xuất kinh doanh không hiệu quả. Sau cuộc rà soát, sắp xếp này đến hết năm 2000 Bộ Quốc phòng chỉ còn lại 170 doanh nghiệp nhà nước gồm: Doanh nghiệp Quốc phòng, doanh nghiệp kinh tế Quốc phòng và doanh nghiệp thuần kinh tế... Cuộc cải cách hiệu quả đó đã đưa các doanh nghiệp Quân đội ngày càng phát triển và vươn đến tầm cao mới.