Thống kê của Bảo hiểm xã hội Việt Nam cho thấy, hầu hết các bệnh viện trên cả nước đều vượt trần BHYT, với số tiền khoảng hơn 400 tỷ đồng. Bảo hiểm Xã Hội Việt Nam thừa nhận việc bội chi BHYT trong thời gian qua là do tác động của việc khám chữa bệnh thông tuyến được thực hiện từ đầu năm 2016. Tuy nhiên, đến thời điểm hiện tại đã là quý 3 năm 2017, BHXH vẫn chưa thực hiện thanh quyết toán phần chi phí vượt trần BHYT cho các bệnh viện. Điều này khiến các bệnh viện rơi vào tình trạng nợ đọng các đơn vị cung ứng thuốc. Nếu tiếp tục kéo dài tình trạng này thì nguy cơ thiếu thuốc là rất cao.