Cùng với các đơn vị của Vùng 3 Hải quân, Lữ đoàn 161 có nhiệm vụ huấn luyện, sẵn sàng chiến đấu, bảo vệ chủ quyền biển đảo và tìm kiếm cứu nạn trên biển. Để đơn vị hoàn thành tốt nhiệm vụ, Lữ đoàn 161 luôn coi trọng và làm tốt công tác giáo dục tư tưởng, rèn luyện bản lĩnh cho bộ đội, coi đây là khâu then chốt trong công tác đảng, công tác chính trị.