Ngay sau khi Bệnh viện Dã chiến cấp 2 số 3 tới Bentiu, Nam Sudan, kế hoạch tổ chức bàn giao nhiệm vụ giữa hai bệnh viện của Việt Nam đã được thực hiện hết sức khẩn trương và chặt chẽ. Cùng với các mặt công tác: tham mưu, chính trị, hậu cần, kỹ thuật, tài chính, hoạt động bàn giao về chuyên môn y tế được hai bệnh viện xác định là cốt lõi và luôn nhận được sự quan tâm đặc biệt.