Được thành lập vào thời điểm đất nước vừa bước ra khỏi thời kỳ bao cấp, Viện Tự động hóa kỹ thuật quân sự cũng như rất nhiều các đơn vị khác trên cả nước gặp rất nhiều khó khăn. Tuy nhiên với tinh thần tự lực, chủ động sáng tạo không ngừng Viện đã phát huy sức mạnh tập thể, triển khai toàn diện các mặt công tác, tập trung nghiên cứu trong lĩnh vực công nghệ tự động hóa và công nghệ thông tin, tạo ra những sản phẩm bước đầu phục vụ kinh tế xã hội.