Bất cập trong các khâu lập dự toán, chấp hành và quyết toán ngân sách, tạo khó khăn cho các chủ thể có chức năng phân bổ, giao chỉ tiêu và kiểm soát chi ngân sách; thiếu tính chủ động, sáng tạo trong quản lý điều hành ngân sách của đơn vị thụ hưởng, làm giảm hiệu quả sử dụng ngân sách. Những vấn đề này sẽ được khắc phục bằng cơ chế quản lý tài chính theo Đề án Đổi mới cơ chế quản lý tài chính quân đội theo Luật Ngân sách năm 2015, giai đoạn 2018-2025 và những năm tiếp theo mà Bộ quốc phòng ban hành tháng 8 năm 2018.