Kết quả nghiên cứu của Viện Pasteur TPHCM đã chỉ ra rằng, nguyên nhân các mẫu thịt nhiễm khuẩn E.coli chủ  yếu do điều kiện vệ sinh kém từ các lò giết mổ gia súc, gia cầm đến các nơi bày bán, chế biến thực phẩm. Ngoài ra, nguồn nước, dụng cụ và quy trình giết mổ không đảm bảo điều kiện vệ sinh cũng là nguyên nhân khiến thực phẩm nhiễm khuẩn E.coli và các loại vi sinh có hại khác. Kiểm soát được tất cả các công đoạn này chính là cách để bảo vệ người dân trước nguy cơ nhiễm khuẩn E.Coli.